三頭龍王者基多拉從地底長眠中甦醒，並召喚隱藏在世界各地的巨大怪獸，使全球陷入末日毀滅危機。長期蟄伏在深海底的哥吉拉，也感受到基多拉的邪惡力量，於是回到地表正面迎戰基多拉，為地球的霸權而戰…